A linha Warhammer 40.000 é voltada para um mundo de ficção, 40 mil anos no futuro onde a humanidade luta para manter-se viva em toda galáxia enquanto enfrenta diversas criaturas alienígenas. Os humanos são os Space Marines, soldados que travam batalhas contra aliens como os Tiranídeos, Tau, eldars, orks, etc. Além de também lutar internamente contra as forças do Caos.

Existe também uma caixa básica, a “Batalha por Macragge” (pronuncia-se Ma-crá-gue) onde o jogador tem tudo para começar a jogar (livros, regras, miniaturas de 2 exércitos).

As duas linhas possuem semelhanças, pois o Warhammer 40.000 seria o futuro sombrio do que viria a ser o Warhammer Fantasy no futuro. As linhas de miniaturas são semelhantes, possuem diversas linhas de peças parecidas, mas ainda assim cada uma possui seu set de regras próprio.